当前，我市新型农村合作医疗制度资金筹集与使用存在的主要问题是，筹资成本高，收集农民个人费用难、补偿标准低，村级卫生室用药范围偏窄、县乡级工作人员少及村级待遇过低、财务管理不规范和监督机制不健全等。
　　建议：一、以户籍改革为契机，推动新农合制度化。二、逐步提高报销比例，完善救助制度。适当提高报销比例及封顶线，适时增加群众急需的医疗项目；尽量简化报销程序，降低农民报销成本。重点对大病住院进行二次报销补偿，并逐步建立农村贫困医疗救助制度，可将当年资金总额的一定比例或将上年结余风险基金的小部分转入二次补偿资金及贫困救助资金。三、制定更加符合农村实际的用药目录。四、加强基层医疗机构能力及队伍建设，提高服务水平，并切实解决好待遇问题。五、完善工作机构，规范的专职编制，规范财物管理制度。